Kyrkans orgel inköptes 1875 från Väddö kyrka. Dit hade den ursprungligen levererats 1860 av orgelbyggaren Frans Andersson i Stockholm. Vid uppsättningen i Fårö fick orgeln en ny fasad, ritad av arkitekten Per-Ulric Stenhammar. Orgeln har 12 stämmor och har restaurerats 1970 och 1972.